芹菜属耐寒性蔬菜，在-1～-2℃，—般可以贮藏2～3个月。如果温度过低，容易受冻，蔫掉。贮藏芹菜的相对湿度以98％为宜，冷库贮藏中，用带孔的塑料膜衬垫的纸箱或开口的塑料包装袋，可以保持高湿，减少水分损失。贮藏中要求空气流畅，避免呼吸热累积。
气调库储存能保持芹菜新鲜的色泽和营养，现在蔬菜绝大部分都是用冷库储存，自家的老方法储存损耗太大，而且储存的蔬菜质量会下降。
贮藏芹菜多选择实心色绿的品种，这种品种耐寒力较强．较耐挤压，经过贮藏后仍能较好地保持脆嫩的品质。空心类型品种贮藏后叶柄变糠，纤维增多，质地粗糙，不宜用来贮藏。
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